(二)有限合伙企业的股东不享受个人税收优惠
根据财税【2014】48号、财税【2012】85号、【2015】101号的规定，个人持有新三板或上市公司的股票、其取得的股息红利可以根据持有期限享受优惠税率，但是如果个人通过合伙企业间接持股，则无法享受上述税收优惠。另外，根据国家税务总局公告2015年第80号、财税【2015】116号文件的规定，中小高新技术企业利用资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本时，个人股东可以申请递延纳税的税收优惠，但如果个人通过合伙企业间接持股中小高新技术企业，则无法享受上述税收优惠。
三、有限合伙企业股权架构的财税优缺点评析
(一)优点
1、隔离债务承担风险。
例如：图5中的x公司对xx1、xx2等承担无限连带责任，自然人股东(实际控制人)通过有限公司x公司控股，仅需以出资额对x承担有限责任。两个有限合伙公司：xx1、xx2的债务均由有限公司x公司承担无限连带责任，好似一道防火墙，隔离了自然人股东(实际控制人)对xx1、xx2有限合伙企业的无限连带责任。
2、调整灵活。
体现三方面：第一方面，如果原始创始人作为有限合伙企业的普通合伙人(GP),则不能再作为有限合伙企业的有限合伙人(LP)。因此，原始创始人成立有限公司成为有限合伙公司的GP的同时，原始创始人还可以成为有限合伙公司的LP;第二方面，如果需要调整普通合伙人，只需要更换图5中的有限公司x公司的股东即可;第三方面，有限合伙企业的自治权比有限公司大，可以将不同类型的股东(战略投资者、高管、核心员工、亲朋好友等)分类装入不同的合伙企业，根据章程，约定不同的进入和退出机制，便于管理。
3、具有绝对的控制权。
例如图5中的自然人股东只需通过有限公司x公司(GP)持有核心公司xx公司1%的股权，就足以控制整个xx公司。
4、具有纳税上的节税效应。
根据《中华人民共和国合伙企业法》的规定，合伙企业属于税收透明体，该合伙企业层面并不征收所得税，经营收益直接穿透合伙企业流入合伙人账户，仅由合伙人缴纳一次税。个人独资企业和合伙企业按照“经营所得”缴纳投资者或合伙人个人所得税后，提取经营所得不再缴个税。
