首先，准备好所需材料是三级资质的基本要求。申请人需要向当地工商局提交相关申请表、工程成果、企业资质证书、营业执照等文件。另外需要提供千分之三的资金保证金，需要特别注意。接下来需要通过考试才能申请三级资质。考试分为两部分，理论部分和实际操作部分。理论部分主要考察申请人的机电工程设计与施工知识，要求笔试。实际操作部分，申请人需要做一些机电设备的组装调试等操作，考官会打分。

最后，如果通过考试，提交的材料齐全有效，就可以获得机电工程施工总承包三级资质。事实上，申请三级资质并不是一蹴而就的，定期的审核和更新也是必不可少的，以确保施工企业在从事机电工程的过程中能够保持良好的信誉和施工质量。