珠澳大桥通车后初段，不会采用24小时通关，港珠澳大桥收关后，已经进入内地的中港车，在零晨12点后至早上6点前，可使用深圳皇岗口岸进出香港。 港珠澳中港牌在内地最长可到90天内，必须回香港一次。 港珠澳大桥落成后，由香港驾驶至珠海及澳门，将会从4至5小时路程大幅缩减至约30分钟。至2035年，预计每日有5万至6万车辆及每日23万至25万人次。
人工岛上除了检查大楼外，亦会包括无人驾驶列车，用以接载旅客由检查大楼至香港国际机场登机，港珠澳大桥的旅客到达香港后无须入境，可以透过无人驾驶列车直接到达香港国际机场客运大楼。对于无法过境车辆，口岸附近将会设立停车场，另外亦有公共巴士接驳。
2009年前香港运输及房屋局局长郑汝桦称，按融资安排三地政府希望尽量调低过桥的收费。如私家车每程估计收100元人民币，货车为200元，甚至更低。但强调最终的收费标准在收费通车前3个月才确定并公布。
2017年6月，中国官方媒体报道指出：根据当局对大桥收费预测，目前有两个收费方案，私家车收费为150元，货车收费为200元，但未列明是以人民币、澳门币抑或港元计算。 至于粤港澳三地政府早前联合公开招标大桥口岸穿梭巴士服务，文件指穿梭巴士收费每程大桥通行费预计达200至450元人民币，即约234至526港元，以穿梭巴士每车45名乘客计算，每名乘客通行费需缴付约5至12港元。确切收费将由三地政府审视获选营办商的建议车费再作核定，但投入营运的首12个月不得调整票价。
港珠澳车牌批文延期
海关商检验车办理
粤港车牌办理时间
中港车牌代办程序
内地经港珠澳大桥进入香港：在广东省内办理核准的国有企业、集体企业、私营企业，3年内（含申办当年）纳税累计100万元人民币以上，可以申请1辆内地经大桥出港商务车指标。
已申办其他口岸的内地企业不受限制，仍可提出申请。香港经港珠澳大桥到广东省：在广东省投资的境外投资企业（个人），不论投资额多少，省内企业3年内（含申办当年）纳税额累计达到10万元人民币以上，可申办1辆通行港珠澳大桥口岸的商务车辆指标；纳税50万元人民币以上的，可申请第2辆；100万元人民币以上的可申办第3辆。港珠澳大桥车牌代办
